یکی از مهم‌ترین ریسک‌هایی که ابزارهای مالی اسلامی‌با آن روبرو هستند، ریسک شریعت است. ریسک شریعت به دلیل عدم انطباق طراحی و انتشار صکوک اجاره با قوانین شریعت (فقه شیعه) به وجود می‌آید. این ریسک تنها در مرحله طراحی اوراق قابل تصور نیست؛ بلکه در مرحله اجرا نیز ممکن است به وجود بیاید. به عبارت دیگر، ممکن است در مرحله اولیه و در طراحی اوراق، شورای فقهی بر تدوین دستورالعمل‌ها و آئین‌نامه‌های صکوک اجاره نظارت کافی داشته باشد، اما در مرحله بعد و زمانی که صکوک اجاره عملیاتی می‌شود، مسائلی پیش آید که سازگار با موازین شرعی نباشد. به منظور تبیین بهتر این ریسک (ریسک شریعت) می‌توان به موردی از صکوک اجاره منتشرشده در بحرین اشاره کرد که با وجود اینکه نام صکوک را به همراه دارد، اما به اعتقاد فقهای اهل سنت، در فرایند انتشار آن از بیع‌العینه استفاده شده که نامشروع است.
ریسک شریعت در کشورهایی که از مالیه اسلامی‌و مالیه متعارف به طور هم زمان استفاده می‌کنند، بیشتر از دیگر کشورهای اسلامی‌وجود دارد. از این رو، اطلاق نام صکوک و انتشار آن در یک کشور اسلامی‌لزوماً بیانگر رعایت تمام موازین شرعی نیست. در ایران به علت ساختار مالی حاکم و وجود قوانین و مقررات اسلامی‌دقیق، ریسک شریعت پایین است. جهت مدیریت این نوع ریسک، لازم است نظام نظارت شرعی قانونی، منطقی و معقولی برای تایید شرعی بودن فعالیت صکوک اجاره در تمامی‌مراحل وجود داشته باشد و باید توجه داشت که شناسایی و مدیریت ریسک در صکوک اجاره از اهمیت بسیار زیادی برخوردار بوده و از به وجود آمدن مشکلات و بحران‌های احتمالی در بازار پول و سرمایه کشور در آینده جلوگیری می‌کند. در صورتی که مدیریت ریسک صحیح بر روی صکوک اجاره صورت پذیرد، جذابیت این ابزار مالی اسلامی‌برای مسلمانان دو چندان شده و حتی احتمال ورود غیر مسلمانان به چنین بازارهایی بیش از پیش خواهد شد.